Jokainen käänteisosmoosijärjestelmä saastuu ja vaatii puhdistusta. Koska pilaantumisen yhteydessä ei yleensä ole vain yhtä epäpuhtautta, tyypillinen puhdistusprosessi sisältää yleensä kaksi vaihetta: matalan pH:n puhdistus ja korkean pH:n puhdistus.
Erilaiset epäpuhtaudet tulee puhdistaa erilaisilla puhdistusaineilla. Alkalipuhdistusta käytetään pääasiassa mikro-organismien tai orgaanisten epäpuhtauksien poistamiseen ja happopuhdistusta käytetään pääasiassa hilseilyn poistamiseen. Puhdistusaine tulee valita epäpuhtauksien tyypin ja kalvotyypin mukaan, jotta kalvo ei vahingoitu.
Puhdistusaineiden käyttöjärjestys tulee määrittää todellisten ongelmien mukaan. Tavallinen puhdistusjakso on ensin happopesu ja sitten alkalipesu.
Joissakin tapauksissa, jos saastuminen on pääasiassa orgaanista ainesta tai mikro-organismeja, voidaan ensin suorittaa alkalipesu, sen jälkeen happopesu ja sitten alkalipesu.
Tärkeä syy emäksisen pesun ottamiseen viimeisenä vaiheena on se, että se voi avata kalvon huokoset kokonaan peittauksen jälkeen ja palauttaa vedentuotannon virtauksen.
